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「医療費通知の自己負担額」と「実際の窓口負担額」では、算出方法の違い
によって、金額が一致しない場合があります。
医療費通知は「医療費の実情や健康に対する認識を深めること」を目的と
して、厚生労働省の作成基準に基づき作成されており、医療費通知の自己
負担額は次の計算式で算出されています。
診療報酬点数 × 単価(10円) × 自己負担割合(3割)
したがって「10円未満の金額」まで記載されています。
病院の窓口で支払う医療費の額は、健康保険法第75条で「10円未満の金額」
については端数処理（四捨五入）することとなっています。
平成29年分医療費控除から「医療費通知」を利用できるようになりました。
「医療費通知」に記載された負担額と実際の負担額が異なる場合については、
いずれの金額を用いてもよいとされています。
国税庁「医療費控除に関する手続について（Q&A）」
問）医療保険者から送付を受けた「医療費通知」のうち「被保険者等が支払った
医療費の額」欄に記載された金額と病院の窓口で実際に支払った医療費の
額（領収書に記載された金額）が一致していません。
これは医療機関の窓口で支払う自己負担額の計算上、10円未満の金額に
ついて端数処理が行われているためと思われますが、医療費控除の額を
計算する際にはどちらの金額に基づくべきでしょうか。
答）社会保険診療に係る医療費について、「医療費通知」上の自己負担額
（支払った医療費の額）は、診療報酬点数に単価（10円）を乗じて算出
される医療費の総額に被保険者の自己負担割合を乗じて算出されるため、
10円未満の金額まで記載されます。
一方、ご質問のとおり、通常、医療機関等の窓口で支払う医療費の額は
10円未満の金額につき端数処理（四捨五入）が行われています。
そのため、「医療費通知」上の自己負担額と窓口で支払った医療費の額
が相違する場合がありますが「医療費通知」に記載された「被保険者等
が支払った医療費の額」に基づいて医療費控除の額を計算して差し支え
ありません。
なお、医療機関等の窓口で実際に支払った金額により医療費控除の額を
計算しても差し支えありません。
（以下省略）